从人类糖尿病纤维血管膜中分离单细胞,用于单细胞RNA测序
Katia Corano Scheri1, Thomas Tedeschi1, Amani A Fawzi1
1Department of Ophthalmology, Feinberg School of Medicine, Northwestern University, Chicago, IL, USA.
Bio-protocol
|November 8, 2024
概括
这项研究详细介绍了一种原酶I型消化方案,用于从增殖性糖尿病视网膜病变纤维血管组织中制备单细胞悬浮剂. 这种方法可以对来自患者的样本进行高质量的单细胞RNA测序分析.
科学领域:
- 眼科医生 眼科 眼科
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 单细胞转录组分析需要高质量的单细胞悬浮剂.
- 在多发性糖尿病视网膜病变中,纤维血管组织会给消化带来挑战.
- 优化组织解离对于下游单细胞RNA测序至关重要.
研究的目的:
- 提出一种 I 型原酶消化方案,用于从增殖性糖尿病视网膜病变纤维血管组织中制备单细胞悬浮剂.
- 为了使单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 分析这些具有挑战性的组织.
- 为scRNA-Seq.提供详细的数据分析管道.
主要方法:
- 从增殖性糖尿病视网膜病变患者身上进行纤维血管组织的外科隔离.
- I型原酶的消化,以制造单细胞悬浮剂.
- 使用Illumina HiSEQ4000进行单细胞RNA测序 (scRNA-Seq).
- 在RStudio中使用Seurat包进行数据分析,包括轨迹分析.
主要成果:
- 从纤维化纤维血管膜成功生成单细胞悬浮液.
- 提供了详细的scRNA-Seq数据分析管道.
- 在患者衍生细胞上证明了轨迹分析的可行性.
结论:
- 描述的 I 型原酶消化方案有效地准备了从增殖性糖尿病视网膜病变纤维血管组织中的单细胞悬浮剂.
- 该协议促进了强大的单细胞RNA测序和下游生物信息分析.
- 该方法支持对增殖性糖尿病视网膜病变的细胞异质性和动态的研究.
