在hisomiRDB:一个全面的数据库的Arabidopsis isomiRs

科学领域:

• 植物分子生物学 植物分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 微RNAs (miRNAs) 越来越多地被认为是动态分子,其变异称为isomiRs,由前体处理和转录后修饰引起.
• 在植物中,异构Rs在调节点微RNA中起着重要作用,但对它们在各个组织和条件中的多样性的系统数据有限.
• 现有的关于Arabidopsis miRNAs的研究还没有全面地目录出 isomiRs.s 的全谱.

研究的目的:

• 系统地识别和注释Arabidopsis中的同位素.
• 建立一个全面的数据库,athisomiRDB,用于探索Arabidopsis isomiRs.
• 促进对阿拉比多普西斯miRNAome的调节功能的研究.

主要方法:

• 收集并策划了来自Arabidopsis小型RNA测序 (sRNA-seq) 图书馆 (>2700个样本) 的大量集合中的20764个同位素R.
• 开发了一个数据库 (athisomiRDB),可以在样本,miRNA和isomiR级别探索同位素Rs.
• 标注的同位素Rs具有特征,包括转录起源,包含变异的同位素Rs,3'非模板添加,以及与单核酸多态和特征的关联.

主要成果:

• 该 athisomiRDB 数据库包含 20,764 个来自不同 Arabidopsis sRNA-seq 库的独特异构R.
• 数据库为每个同位素R提供详细的注释,包括独家和模两可的变体.
• 每个项目的特征包括3'非模板添加,isomiR-目标相互作用和特征关联等特征.

结论:

• 植物学RDB数据库对植物科学界来说是一个重要的资源.
• 它将增强对同位素Rs在Arabidopsis中的调节作用的理解.
• 该数据库预计将通过从广泛的sRNA-seq数据集提供全面的isomiR配置文件来推进小RNA研究.