来自HUPO人类蛋白质组项目的人类蛋白质组2024年报告
Gilbert S Omenn1,2, Sandra Orchard3, Lydie Lane4
1University of Michigan, Ann Arbor, Michigan 48109, United States.
Journal of proteome research
|November 8, 2024
概括
人类蛋白质组项目 (HPP) 现在使用UniProtKB作为其参考知识库和GENCODE作为其蛋白质目标列表. 对93%的人类基因的蛋白质表达得到证实,使用新的评分系统来推动功能注释努力.
科学领域:
- 蛋白质组学和生物信息学
- 人类基因组学 人类基因组学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 人类蛋白质组项目 (HPP) 旨在识别所有人类蛋白质异型,并将蛋白质组学纳入多组学研究中.
- 最近的过渡包括UniProtKB作为参考蛋白质组知识库和GENCODE作为蛋白质目标列表.
- 一个新的功能性证据 (FE1-5) 评分系统补充了蛋白质表达 (PE1-5) 证据方案.
研究的目的:
- 报告人类蛋白质组项目 (HPP) 在重大转型之后的状态.
- 更新人类蛋白质组中蛋白质识别和功能注释的进展情况.
- 突出采用新的知识库和证据评分系统.
主要方法:
- 使用UniProtKB发布2024_04和GENCODE作为参考蛋白质和蛋白质目标清单,分别.
- 针对GENCODE蛋白质编码基因的追踪蛋白质表达检测 (PE1) 率.
- 结合了来自生物和疾病驱动的HPP,人类蛋白质图谱和HPP大挑战项目的数据.
主要成果:
- 在19,411个GENCODE蛋白质编码基因中,已检测到18,138个蛋白质表达 (PE1) (93%).
- "缺少蛋白质" (非PE1) 的数量现在为1,273.
- 与之前的neXtProt列表相比,过渡到GENCODE导致减少了367种蛋白质.
结论:
- 惠普已经成功地过渡到新的参考知识库和目标清单.
- 现在大多数人体蛋白质都在表达水平 (PE1) 上被检测出来.
- 新的功能性证据 (FE1-5) 计划预计将在全球范围内刺激人类蛋白质的功能性注释.
关键词:
生物学和疾病-HPP (B/D-HPP) 的研究染色体为中心的HPP (C-HPP)在GENCODE中,我们可以使用GENCODE.大挑战项目大挑战项目人类蛋白质图书馆人类蛋白质图书馆人类蛋白质组组织 (HUPO)人类蛋白质组项目 (HPP)类天文图集 类天文图集 类天文图集功能证据 (FE) 得分,功能证据 (FE) 的得分.缺乏的蛋白质 (MP)neXtProt 蛋白质存在 (PE) 度量表其他非MS PE1 蛋白质.π-HuB (蛋白质导航器) 是一个更多相关视频
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