在皮肤T细胞淋巴瘤中进行T细胞受体重组分析的纳米孔测序

科学领域:

• 分子诊断学 分子诊断学
• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• T细胞受体 (TCR) 克隆性分析对于诊断淋巴瘤至关重要,特别是皮肤T细胞淋巴瘤 (CTCL).
• 目前的方法缺乏快速性和成本效益,无法广泛临床应用.
• 需要一个快速和经济的工作流程来进行TCR重排分析.

研究的目的:

• 建立和评估使用牛津纳米孔技术 (ONT) 测序的TCR重排分析程序.
• 将ONT测序的性能与检测TCR克隆性的既定方法进行比较.
• 评估ONT测序在淋巴瘤分析中的常规诊断用途的可行性.

主要方法:

• 开发了一种使用ONT测序进行TCR-gamma和TCR-beta链重组分析的优化协议.
• 分析了45名患有各种诊断的患者的样本,包括Mycosis fungoides和Sézary综合征,使用FFPE,新鲜冷和CD3隔离细胞.
• 将ONT测序结果与Illumina MiSeq (NGS) 进行比较,使用瘤克隆频率 (TCF) 作为指标.

主要成果:

• 优化的ONT协议在所有测试样本类型中与NGS相比,在TCF值中显示出强烈的相关性 (R: 0.992-0.996,r2: 0.984-0.991).
• 在ONT测序中,成功检测出高精度的TCR克隆性.
• 这种工作流证明了对各种样本保存方法的有效性.

结论:

• ONT 测序提供了一种可靠的 TCR 克隆性检测方法,与现有的 NGS 技术相提并论.
• 这项技术为常规淋巴瘤诊断提供了更快,更具成本效益的替代方案.
• 在TCR分析中,ONT测序具有在临床环境中更广泛采用的巨大潜力.