基于牛津纳米孔技术的B型肝炎病毒测序协议适用于临床诊断环境中的基因组监测
Derek Tshiabuila1, Wonderful Choga1, James E San2
1Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), Stellenbosch University, Stellenbosch 7600, South Africa.
International journal of molecular sciences
|November 9, 2024
概括
一个新的牛津纳米孔技术 (ONT) 测序协议改善了乙型肝炎病毒 (HBV) 诊断. 这种方法提供了完整的基因组序列,并揭示了患者内HBV遗传多样性,这对于了解疾病流行病学至关重要.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 传染性疾病 传染性疾病
背景情况:
- 慢性乙型肝炎病毒 (HBV) 感染是全球主要的健康问题,特别是在非洲.
- 目前的HBV基因型定型方法,如桑格测序和逆杂交,在提供全基因组数据和检测患者内多样性方面存在局限性.
- 了解HBV遗传多样性是控制感染及其传播的关键.
研究的目的:
- 开发和验证一种基于牛津纳米孔技术 (ONT) 的新型测序协议,用于全面的HBV诊断.
- 通过实现全基因组测序和对患者内HBV遗传多样性的详细分析,克服现有方法的局限性.
- 评估开发协议在临床病毒学环境中的有用性.
主要方法:
- 一个基于ONT的协议的开发,包括HBV的式PCR放大,使用ONT快速条形码套件准备库,以及ONT GridION测序.
- 利用生物信息学工具,包括基因组检测器用于基因型定型,jpHMM和RDP5用于重组分析,以及Geno2pheno用于药物耐药性分析.
- 将该协议应用于南非HBV感染患者的148个残留诊断样本.
主要成果:
- 从诊断样本中成功生成了高质量的,几乎全长的HBV基因组.
- 该协议有效地提供了全面的遗传多样性数据,并使得基因定型,重组分析和耐药性分析成为可能.
- 证明了该协议能够产生广泛的患者内HBV遗传多样性信息.
结论:
- 开发的基于ONT的测序协议是临床病毒学的一个有价值的工具,比HBV诊断的现有方法提供了显著的改进.
- 这种方法为南非等地区的HBV遗传多样性,流行病学和进化模式提供了关键的见解.
- 该协议能够捕捉患者内多样性的能力对于更深入地了解HBV感染动态和治疗策略至关重要.
