来自甘白叶的植物等离子体DNA丰富,用于枪支测序改进
Karan Lohmaneeratana1,2, Gabriel Gutiérrez3, Arinthip Thamchaipenet1,4
1Department of Genetics, Faculty of Science, Kasetsart University, Bangkok 10900, Thailand.
Plants (Basel, Switzerland)
|November 9, 2024
概括
这项研究提出了一种具有成本效益的方法,将植物质DNA与甘白叶病分离出来. 该方法增强了微生物DNA恢复,用于高质量的植物病原体基因组分析.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 甘白叶病 (SCWL) 是由*Candidatus* Phytoplasma sacchari引起的,严重影响了甘的生产.
- 植物等离子体的强制性寄生性和培养困难使得DNA与宿主植物DNA的分离变得复杂.
- 高质量的DNA对于测序植物微生物组和了解病原体基因组学至关重要.
研究的目的:
- 开发一种简单,具有成本效益的方法,以从感染的甘中分离植物质DNA.
- 从复杂的植物样本中丰富微生物DNA,特别是植物质DNA.
- 为了获得高质量的基因组数据 *Ca. 植物质糖体* SCWL.
主要方法:
- 一种瓜尼丁-HCl-氧化 (GuHCl-Silica) 方法用于DNA分离.
- 使用PEG/NaCl沉进行尺寸选择性低分子量 (LMW) DNA丰富.
- 使用NEBNext微生物组DNA丰富套件进行进一步的微生物DNA丰富.
主要成果:
- qPCR证实了LMW分数中植物质DNA的显著丰富.
- 微生物组的丰富性大大增加了植物等离子体DNA的相对丰富性.
- 枪枪测序产生了高质量的*Ca.的元基因组组装基因组 (MAG). 植物质糖* SCWL (95.85%的完整性,215×覆盖率).
结论:
- 结合PEG/NaCl大小选择和微生物组丰富有效地隔离了高质量的植物质基因组数据.
- 这种低成本的方法可以改善从植物宿主中恢复微生物DNA.
- 该方法为研究复杂植物系统中的植物病原体提供了强大的框架.
