使用等离子体分析服务进行劳动和成本效益高的长度读取安普利康序列测序:应用于日本晨光中含有转子子体的等位基因

科学领域:

• 分子遗传学 分子遗传学
• 基因组学就是基因组学.
• 植物生物学 植物生物学

背景情况:

• 桑格测序和下一代测序 (NGS) 是聚合酶链反应 (PCR) 碎片分析的标准.
• 像纳米孔和PacBio这样的长读测序技术为长的PCR片段提供了优势,但可能昂贵.
• 现在可以使用商业纳米孔测序服务来测序等离子体,这促使人们对其用于直接PCR碎片分析的使用进行了调查.

研究的目的:

• 评估使用低成本商业纳米孔测序服务来分析长PCR片段而不需要克隆等离子体的可行性.
• 评估循环和测序长PCR片段直接作为模板的准确性和效率.
• 为了研究TPN1转子在日本晨光 (Ipomoea nil) 遗传学中的作用.

主要方法:

• 来自Ipomoea nil的DFR-B基因的4-11kb片段的PCR放大,有或没有Tpn1转位子.
• 使用T4DNA结合酶循环化PCR片段,以创建圆形DNA模板.
• 使用商业纳米孔测序服务对循环PCR片段进行测序.

主要成果:

• 循环长期PCR片段的直接测序产生了准确的结果,在同聚合物延伸中发现了轻微的不准确性.
• 该方法展示了降低与传统克隆和测序工作流程相关的成本和劳动力的潜力.
• 该研究证实了TPN1转位子在I.nil中是显著的变异原体,并观察了它们在紫色线上的转位.

结论:

• 使用纳米孔技术循环和直接测序长的PCR片段是传统方法的可行和潜在的成本效益替代方案.
• 这种方法简化了对长DNA序列的分析,包括那些具有具有挑战性的碎片,如结PCR产品的分析.
• 这些发现强化了TPN1转体在I. nil突变发生的重要性,并为植物遗传变异提供了洞察力.