一个基于RNA-Seq数据的基因内识别通用参考基因的协议:树干基因表达的案例研究
Qi Xie1,2,3,4, Umair Ahmed1,2,3,4, Cheng Qi1,2,3,4
1National Key Laboratory for Germplasm Innovation & Utilization of Horticultural Crops, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, China.
Forestry research
|November 11, 2024
概括
这项研究提供了一条管道,用于识别可靠的基因参考基因,用于使用RNA-Seq数据在树茎中进行基因表达分析. Potri.001G349400 (CNOT2) 被确定为树干研究的最佳参考基因.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 基因表达分析 基因表达分析
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 使用实时定量逆转录聚合酶链反应 (RT-qPCR) 进行准确的相对基因表达分析是必不可少的.
- 正常化依赖于稳定表达的参考基因 (RGs),但在各种条件下适合树茎的RGs尚未确立.
- 公共可用的RNA-Seq数据为识别RG提供了宝贵的资源.
研究的目的:
- 开发和呈现一个系统的管道,用于识别构成性和稳定表达的参考基因在树 (Populus) 茎.
- 用RT-qPCR和多种统计算法验证候选参考基因.
- 确定最可靠的基因参考基因用于树茎的基因表达研究.
主要方法:
- 使用DESeq2的比率中位数对292个RNA-Seq样本进行正常化.
- 根据变异系数 (CV) 值 (切线≤0.3) 确定了541个稳定表达的基因.
- 设计了通用原料,使用RT-qPCR评估了12个候选物和6个报告的RG的表达稳定性,并使用ΔCt,geNorm,NormFinder和BestKeeper算法进行了验证.
主要成果:
- 总共有541个候选参考基因从RNA-Seq数据中确定.
- 所有测试的候选RG在Populus的不同实验和条件中都表现出稳定的表达.
- Potri.001G349400 (CNOT2) 被确定为最佳参考基因,其中六个候选基因和三个报告的基因基因在测试数据集中满足CV ≤ 0.3标准.
结论:
- 这项研究提供了一种优化的协议,用于从树中的RNA-Seq数据中识别稳定的参考基因.
- 建议Potri.001G349400 (CNOT2) 作为可靠的基因参考基因,用于树茎的基因表达研究.
- 开发的管道可用于识别其他植物物种或在不同的实验条件下的参考基因.
关键词:
无生物应激应激是一种非生物应激.基因表达 基因表达 基因表达人口的人民 (Populus Populus) 是一个RT-qPCRR 是一个人.参考基因是指基因中的基因.茎发育 茎发育 的发展.转录组 转录组就是一个转录组.更多相关视频
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