通过半自动特征选择工具检测生物信号的补充方法
Gabriel Santos Arini1,2,3, Luiz Gabriel Souza Mencucini1,2, Rafael de Felício4
1Department of Biomolecular Sciences, Computational Chemical Biology Laboratory, School of Pharmaceutical Sciences of Ribeirão Preto, University of São Paulo, Ribeirão Preto, Brazil.
Frontiers in chemistry
|November 11, 2024
概括
本研究介绍了RegFilter,这是一种通过捕获数据依赖获取 (DDA) 模式中错过的离子来改善非目标代谢的动态方法. 这增强了生物信号检测,并允许创建自定义的光谱库.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 质谱测量质量谱测量
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 非目标代谢学通常使用数据依赖获取 (DDA).
- DDA有局限性,包括不完整的离子碎片和信号特异性问题.
- 需要将生物信号检测扩展到DDA能力之外.
研究的目的:
- 在代谢学中增强生物信号检测.
- 为了克服DDA模式固有的碎片化限制.
- 开发一种动态的程序,结合实验和in silico方法.
主要方法:
- 使用液体染色学与质谱学 (LC-MS) 结合使用.
- 对三种actinomycete物种进行了代谢分析.
- 数据预处理涉及MZmine软件和定制的RegFilter包.
主要成果:
- RegFilter启用了在DDA模式中错过的前体离子的碎片化.
- 大多数选择的离子被注释,识别了生物学上相关的候选物.
- 工作流程促进了潜在的生物信号的检测,优化和修复.
结论:
- RegFilter是一种有价值的补充方法,用于DDA用于非目标代谢学.
- 动态分析流改善了检测,并允许创建自定义的光谱库.
- 这种方法扩大了代谢学研究中生物信号的覆盖范围.
