全癌症单细胞转录基因分析揭示了胚胎前血管生成基因模块在瘤发生中的不同表达

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 血管新生对于胚胎发育和瘤进展至关重要.
• 亲血管性基因调节血管生成,但胚胎和瘤途径之间的重叠尚不清楚.

研究的目的:

• 为了调查胚胎亲血管性基因模块 (EPGM) 是否存在于瘤中.
• 分析各种癌症类型的髓状细胞亚群中的EPGM表达.

主要方法:

• 全癌症单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 在7种癌症类型的332名患者样本上.
• 使用Seurat R包处理的数据,包括质量控制和批量效应校正.
• 细胞聚类和UMAP可视化确定了细胞类型;骨髓细胞分析了EPGM和TPGM的表达.

主要成果:

• 骨髓状细胞,包括巨细胞和单细胞,在所有瘤类型中都显示出高的EPGM和TPGM表达.
• 20个不同的骨髓亚型表现出不同的EPGM/TPGM表达,受治疗和疾病阶段的影响.
• 特定的骨髓样子亚型,如乳腺癌中的HSPAhi/STAT1+巨细胞,在治疗后显示出减少的亲血管性活性.

结论:

• 瘤利用髓状细胞中的EPGM来增强血管化和生长.
• 在与瘤相关的髓状细胞中保存的EPGM表达表明瘤进展的共同机制.
• 髓子子组中的明显的EPGM模式为癌症治疗提供了潜在的治疗点和生物标志物.