使用机器学习测量裂变酵母中的细胞尺寸
Kylie Lawson1, Shayne Skrtic1, Martin Vo1,2
1Biology Department, Xavier University, Cincinnati, OH, USA.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|November 11, 2024
概括
使用PhotoPhenosizer (PP) 进行的自动细胞测量显示,裂变酵母 (Schizosaccharomyces pombe) 的复制应激导致老化过程中细胞大小增加. 这突出了PPPP的重要性.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 显微镜的使用方法
背景情况:
- 裂变酵母 (Schizosaccharomyces pombe) 中的细胞长度是细胞周期进展的关键指标.
- 评估细胞大小的变化对于理解由于基因组或代谢压力导致的细胞周期动态中断至关重要.
研究的目的:
- 介绍和利用Photophenosizer (PP),一个机器学习工具,用于S. pombe的自动细胞测量和维度分析.
- 通过PP研究基因组不稳定性对细胞大小动态在时间老化过程中的影响.
主要方法:
- 采用明亮场 (BF) 显微镜对S. pombe细胞进行成像.
- 利用一个自动化的细胞细分算法集成到PhotoPhenosizer (PP) 工具进行精确的细胞测量.
- 进行了12天的时间寿命测定,以追踪野生类型和复制应激突变菌株的细胞尺寸变化.
主要成果:
- PhotoPhenosizer (PP) 有效地简化了用于大规模图像处理的形态测量.
- 在葡萄糖介质的时间老化过程中,复制应激突变体的细胞大小与野生类型细胞相比显著更大.
- 观察到的细胞大小变化与DNA损伤诱导的细胞形态检查点的激活一致.
结论:
- 光化器 (PP) 是S. pombe研究中自动化,大规模细胞维度分析的宝贵工具.
- 基因组不稳定性,特别是复制压力,在裂变酵母老化过程中直接影响细胞大小动态和形态.
- 这种方法促进了对各种压力的细胞反应的研究,有助于S. pombe分子研究.
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