肝细胞癌中的纤维细胞异质性和基于单细胞转录组分析的预后标记物的识别

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 细胞生物学 细胞生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 肝细胞癌 (HCC) 的发病率和死亡率很高.
• 纤维细胞是HCC瘤微环境 (TME) 的关键组成部分.
• 在HCC中纤维细胞的转录调节机制在很大程度上是未知的.

研究的目的:

• 研究纤维细胞在肝细胞癌 (HCC) 中的作用.
• 阐明HCC.中纤维细胞的转录调节机制.
• 通过分析纤维细胞遗传变异和分化来确定HCC的预后标志物.

主要方法:

• 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 数据分析 (GSE149614) 使用Seurat.
• 在纤维细胞中通过 inferCNV推断拷贝数变化 (CNVs).
• 使用CellChat进行细胞间通信分析.
• 评估纤维细胞分化轨迹与Monocle 2.
• 使用SCENIC分析识别关键的转录因子 (TFs).

主要成果:

• 纤维细胞在HCC瘤部位中被丰富,随着疾病的发展阶段而增加.
• 在HCC纤维细胞中观察到6p染色体缺失,与抗原处理途径相关.
• 皮质细胞被确定为纤维细胞行为的主要调节者.
• 纤维细胞分化显示了从正常状态到恶性状态的过渡.
• 表达不足的转录因子CEBPD和FOSB与HCC预后有显著的相关性; CEBPD过度表达抑制了HCC细胞迁移和入侵.

结论:

• 纤维细胞的招募,分化和染色体6p拷贝数损失与HCC恶性病变和免疫功能障碍有关.
• 这些发现为HCC的临床治疗和诊断提供了新的见解.