软体数据库2.0:对1400多种软体动物的功能性和进化基因组学数据库
Fuyun Liu1,2, Bingcheng Cai1, Shanshan Lian1,2
1Fang Zongxi Center for Marine Evo-Devo & MOE Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding, College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao 266003, China.
软体数据库2.0是一个全面的,开放的资源,整合了1450种软体动物的广泛的多学科数据. 这个平台通过先进的分析工具增强了软体动物生物学和进化研究.
科学领域:
- 动物学 动物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 软体动物是第二大动物类,在基因组研究中代表性不足.
- 庞大的多学科数据为了解软体动物生物学和进化提出了机遇和挑战.
研究的目的:
- 开发一个集成的,用户友好的平台,用于管理和分析软体动物的多学科数据.
- 创建迄今为止最全面的软体动物多学科资源.
主要方法:
- 开发MolluscDB 2.0,一个基于Web的平台 (http://mgbase.qnlm.ac).
- 整合基因组,转录基因组 (批量和单细胞),蛋白质基因组,表观基因组和元基因组数据集.
- 扩展和更新功能模块和分析工具.
主要成果:
- MolluscDB 2.0涵盖了所有八个软体动物类的1450个物种.
- 汇编了大约4200个多omics数据集.
- 包括14个更新的和20个新的专业功能模块和分析工具.
结论:
- MolluscDB 2.0 作为一个非常有价值的,开放式访问的多学科平台,用于全球的软体动物研究社区.
- 该平台促进了整合性和比较性分析,加速了在软体动物生物学和进化方面的发现.
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