通过生态学的视角进行比较性肠道微生物组研究:理论考虑和最佳实践
Samuel Degregori1, Xiaolin Wang1, Akhil Kommala1
1Department of Anthropology, Northwestern University, 1810 Hinman Avenue, Evanston, IL, 60208, USA.
Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society
|November 12, 2024
概括
动物肠道微生物组研究正在扩展到哺乳动物之外,揭示了广泛传播的微生物,并为生态理论提供了信息. 这项研究整合了多样化的宿主数据,以构建动物肠道微生物组的通用模型.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生态生态学 生态生态学
- 进化生物学 进化生物学
背景情况:
- 动物肠道微生物组的比较研究往往侧重于哺乳动物,可能会偏离可概括的原则.
- 整合社区生态理论与微生物组数据是解决矛盾和理解宿主微生物组相互作用所必需的.
- 对动物王国进行更广泛的采样对于开发有关肠道微生物组组装和功能的普遍理论至关重要.
研究的目的:
- 审查比较性肠道微生物组研究的发现,并强调需要更广泛的宿主采样.
- 探索社区生态理论的应用,以解决微生物组研究中的差异.
- 引入一种方法来编制和分析来自研究不足的主体的公共微生物组数据.
主要方法:
- 对比性肠道微生物组研究的文献综述.
- 来自179项涵盖不同宿主研究的综合公共肠道微生物组数据的分析.
- 调查样本大小和分类学等级对比较分析的影响.
主要成果:
- 公开可用的数据可以支持创建各种主机数据集进行比较分析.
- 在哺乳动物中发现的关键肠道微生物也在广泛的动物种群中普遍存在.
- 比较微生物组研究结果对样本大小和分析的分类层面都很敏感.
结论:
- 现有的生态框架可以促进肠道微生物组的整合到动物生态和进化中.
- 虽然通用模型仍然具有挑战性,但更广泛的数据整合使我们更接近了解动物肠道微生物组的动态.
- 关键肠道微生物的广泛分布表明,它们在各种动物中保留了生态或进化作用.
