人类基因组中丰富的高活性位点的功能特征和计算模型
Sanjarbek Hudaiberdiev1, Ivan Ovcharenko1
1National Institute for Biotechnology and Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, United States.
高占用目标 (HOT) 位点结合了许多转录因子 (TF),挑战了传统模型. 这些由序列特征驱动的HOT位点对于基因调节至关重要,并且可以通过大型转录凝聚物形成.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 经典模型提出转录因子 (TFs) 结合增强剂和促进剂序列特定.
- 扩展ChIP-seq数据显示,高占用目标 (HOT) 位点绑定了数百个TF,通常没有明确的动机相关性.
研究的目的:
- 分析TF ChIP-seq峰值同时发生模式和功能基因组学数据.
- 在人类细胞系 (HepG2,K562,H1) 中识别和描述HOT位点.
主要方法:
- 在三个人类细胞系中利用了1003 TF ChIP-seq数据集.
- 分析了ChIP-seq峰值与功能基因组学数据的同时发生.
- 进行了基于HOT loci的序列分类.
主要成果:
- 确定了43,891个HOT位点 (53%的促进剂,47%的增强剂).
- 热激素促进体调节家庭基因;热激素增强体调节组织特异性过程.
- 热点位置是超级增强剂的基础,在负选择下演变,与序列特征和基因表达相关.
结论:
- 热点位置的形成是由序列特征驱动的,而不仅仅是TF图案.
- 很大一部分TF有约束力的事件有助于HOT loci.
- 提出一个涉及大型转录凝聚物的HOT位点形成模型,挑战经典增强器模型.
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