miRNATissueAtlas 2025:对均处理和注释的人类和小鼠非编码RNA组织地图的更新
Shusruto Rishik1, Pascal Hirsch1, Friederike Grandke1
1Clinical Bioinformatics, Center for Bioinformatics, Saarland University, 66123 Saarbrücken, Germany.
Nucleic acids research
|November 14, 2024
概括
"miRNATissueAtlas 2025"提供了一个全面的资源,用于探索人类和小鼠组织中的微RNA (miRNA) 表达. 这本更新的地图集增强了对miRNA在各种生物环境中的作用的理解,并促进了跨物种研究.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 微RNAs (miRNAs) 是基因表达的关键调节者,具有显著的组织特异性模式.
- 现有的miRNA表达数据主要集中在人类 (Homo sapiens) 和老鼠 (Mus musculus).
- 之前的miRNATissueAtlas版本为miRNA表达数据提供了一个协调的框架.
研究的目的:
- 用最新的miRNA表达数据全面更新和扩展miRNATissueAtlas.
- 为了增加人类和小鼠组织,细胞系和细胞外囊泡的覆盖范围.
- 为了使生理组织和细胞系之间,以及物种之间进行比较分析.
主要方法:
- 整合和统一处理的大规模miRNA表达数据集.
- 扩展了人类和小鼠组织,器官和细胞系的目录.
- 计算了新的组织特异性指数,并促进了跨物种的比较.
主要成果:
- miRNATissueAtlas 2025包括从61,593个H. sapiens和M. musculus. musculus的样本中读取了7990亿次阅读.
- 目前,该地图集涵盖了H. sapiens的74个器官和373个组织,并扩大了M. musculus的覆盖范围.
- 35个器官在物种之间重叠,允许直接进行跨物种的比较分析.
结论:
- 更新的miRNATissueAtlas 2025是miRNA研究的一个有价值的,扩展的资源.
- 它通过使细胞系和生理组织之间的比较来支持翻译性研究.
- 有助于更深入地了解跨物种的miRNA功能和调节.
