二次代谢协作室:二次代谢物生物合成基因集群的数据库和网络讨论门户

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 二次代谢产物具有具有临床和环境相关性的专门生物活性功能.
• 识别二次代谢物生物合成基因集群 (BGCs) 是至关重要的,但往往需要人工分析.
• 现有用于BGC识别的工具缺乏全面的,集中的数据存储库.

研究的目的:

• 引入二次新陈代谢协作室 (SMC),这是一个新的,对BGC序列数据的工具无关的仓库.
• 为了促进从细菌和考古基因组中识别和分析BGCs.
• 为研究人员提供一个集中的平台,以便访问,共享和分析BGC信息.

主要方法:

• 来自公众和用户提交的细菌和古生物学基因组和相关来源的聚合BGC序列数据.
• 开发了一个可搜索的目录的假定BGCs与基因和域注释的可视化.
• 实施公开可访问的API端点,用于程序数据访问.

主要成果:

• 启动了SMC,这是迄今为止最大的BGC信息存储库,包含130万个BGC区域,来自130万个源序列.
• 提供了一个用户友好的网站,具有可搜索的目录和数据可视化.
• 为自动数据检索和分析提供API访问.

结论:

• 通过提供全面和可访问的数据资源,SMC显著推动了对二次新陈代谢的研究.
• 促进比较分析和BGC的功能预测,加速新生物活性化合物的发现.
• 通过合作功能鼓励社区参与,以分享发现和见解.