用于分析真菌元编码数据的常用软件管道的比较
Theresa Rzehak1, Nadine Praeg2, Giulio Galla3
1Department of Microbiology, Universität Innsbruck, Innsbruck, Austria. Theresa.Rzehak@uibk.ac.at.
BMC genomics
|November 15, 2024
概括
生物信息管道的选择对真菌社区分析产生了重大影响. 为了准确的真菌元编码,建议在97%的相似性下进行操作分类单元 (OTU) 聚类,而不是安普利康序列变体 (ASV).
科学领域:
- 菌类生态学 菌类生态学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 环境微生物学 环境微生物学
背景情况:
- 内部转录间隔器 (ITS) 区域的元编码是真菌群体分析的标准.
- 用于ITS序列处理的生物信息管道没有标准化,可以产生不同的结果.
- 对于真菌ITS数据使用安普利康序列变体 (ASV) 的使用是有争议的,与其对 prokaryotic 16S rRNA 的既定使用不同.
研究的目的:
- 为了比较两个常见的生物信息管道,DADA2 (ASVs) 和mothur (OTUs) 的性能,用于真菌元编码.
- 在真菌社区分析中评估管道相关偏见.
- 确定处理真菌ITS元编码数据的最合适方法.
主要方法:
- 使用真菌元编码序列对DADA2和mothur管道进行比较.
- 来自环境样本的序列分析:牛便和牧场土壤.
- 在技术复制品中评估真菌丰富度和相对丰富的同质性.
主要成果:
- 使用99%相似度的操作分类单位 (OTU) 聚类,Mothur发现的真菌丰富度高于DADA2.
- 在18个技术复制品中,Mothur产生了同质的相对丰度.
- 在相同的复制品中,DADA2产生了高度异质的相对丰度.
结论:
- 生物信息管道选择引入了真菌元编码数据分析中的偏差.
- 建议以97%的相似性进行OTU聚类作为处理真菌元编码数据的最合适方法.
- 该建议基于观察到的相对丰度的同质性和更好地检测真菌多样性.
