ATAC-seq用于描述病毒感染期间宿主和病原体基因组的可访问性
Dawei Liu1, Timothy R Howard1, Ileana M Cristea2
1Department of Molecular Biology, Princeton University, Princeton, NJ, USA.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|November 15, 2024
概括
这项研究详细介绍了一种优化的转化酶可访问染色体检测方法,采用高通量测序 (ATAC-seq) 方法,用于分析感染期间宿主和病毒基因组可访问性. 该方法揭示了宿主因子IFI16降低了简单疹病毒I型 (HSV-1) 基因组的可访问性.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 病毒学 病毒学
背景情况:
- 染色体调节对于生物过程和疾病中的动态基因表达至关重要.
- 用高通量测序 (ATAC-seq) 测定转化酶可访问染色质的试验映射了全基因组的染色质可访问性.
- ATAC-seq对于研究病毒和细菌感染很有价值,揭示了病原体复制和宿主防御洞察力.
研究的目的:
- 描述一种优化的ATAC-seq方法,用于同时分析宿主和病毒基因组可访问性.
- 通过检测病毒基因组的结构变化来研究病毒与宿主相互作用.
- 为涉及引入外来DNA的研究提供多功能工具.
主要方法:
- 利用一个优化的ATAC-seq协议来评估染色质可访问性.
- 应用该方法研究病毒病原体感染,特别是简单疹病毒I型 (HSV-1).
- 研究了宿主抗病毒因子在调节病毒基因组可访问性的作用.
主要成果:
- 在感染期间表现出简单疹病毒I型 (HSV-1) 基因组可访问性的系统性下降.
- 确定了宿主抗病毒因子,干扰素-诱导蛋白16 (IFI16),作为调解这种下降.
- 展示了该方法能够提供对病毒与宿主相互作用的机制性见解的能力.
结论:
- 优化的ATAC-seq协议有效地描述了宿主和病毒基因组中的染色质可访问性变化.
- IFI16通过减少病毒基因组的可访问性来限制HSV-1复制.
- 这种可适应的ATAC-seq方法是涉及外来DNA和宿主-病原体相互作用的各种研究领域的宝贵工具.
