基因组SSR千叶数据库 (GSMDB):增强基因资源,以实现可持续农业

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 植物科学 植物科学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 全球人口增长需要加强粮食生产和像小米这样的抗气候作物.
• 千叶是营养强国,具有显著的耐压力,对粮食安全至关重要.
• 有限的基因组数据阻碍了对小米品种的全面研究和育种.

研究的目的:

• 开发一个全面的,可访问的遗传资源,用于小米研究.
• 从可用的小米基因组序列中挖掘和目录简单序列重复 (SSR).
• 为SSR数据提供高级可视化和搜索功能.

主要方法:

• 使用了NCBI的de-novo小米基因组组合.
• 开发了一个基于Web的数据库 (GSMDB),用于SSR数据管理和访问.
• 采用分子遗传学方法,专注于SSR识别和分析.

主要成果:

• 从七种小米种中开采和目录了6,747,645个SSR.
• 将SSR数据集成到基因组SSR密尔特数据库 (GSMDB) 中.
• 实现了JBrowse,用于交互式可视化和搜索功能.

结论:

• GSMDB是小米基因组学研究的开放和开放的开创性资源.
• 该数据库支持诸如遗传多样性,绘图和标记器辅助选择等关键研究.
• GSMDB促进了小米育种计划的进步,以加强全球粮食安全.