构建基因组选择的培训套件,以确定候选人群中的优异基因型
Szu-Ping Chen1,2, Wen-Hsiu Sung1, Chen-Tuo Liao3
1Department of Agronomy, National Taiwan University, Taipei, Taiwan.
概括
提出了基因组选择培训组建方法,以有效地识别顶级基因型. 推方法根据种群结构而异,优化基因组选择以获得植物繁殖成功.
科学领域:
- 植物育种 植物育种
- 基因组学就是基因组学.
- 定量遗传学 是一种定量遗传学.
背景情况:
- 鉴定优异基因型对于植物育种计划至关重要.
- 基因组选择 (GS) 旨在通过基因组信息提高繁殖效率.
- 优化训练集的构建是提高GS性能的关键.
研究的目的:
- 评估和提出培训组优化在基因组选择中的方法.
- 提高从繁殖种群中识别表现最好的基因型的效率.
- 为了比较最佳的设计灵感的方法与以精度为中心的方法.
主要方法:
- 对基因组选择的各种培训集构建方法的评估.
- 实施两种基于最佳设计标准的新方法.
- 使用模拟研究和真实特征数据分析进行比较.
- 使用指标进行评估,比如正常化的折扣累积收益和相关系数.
主要成果:
- 对于没有强大的子群体结构的群体,建议使用基于脊柱回归的方法.
- 基于启发式的一般化确定系数和类似D-优度的方法是结构化群体的首选.
- 排名方法可以在应用启发式方法之前缩小大型候选人群.
- 已知方法的计算效率高的版本被验证.
结论:
- 在基因组选择中选择培训集构建方法取决于种群结构.
- 优化的培训套件提高了在植物育种中识别优异基因型的效率.
- 提出的方法为提高基因组选择性能提供了有效的策略.


