定量细胞内结合试验揭示了短线性动机的识别决定因素和上下文依赖性
Mythili S Subbanna1, Matthew J Winters1, Mihkel Örd2,3
1Department of Biochemistry and Molecular Biotechnology, University of Massachusetts Chan Medical School, Worcester, MA 01605, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|November 18, 2024
概括
我们开发了系统的细胞内动机结合分析 (SIMBA),这是一种测量短线性动机 (SLiM) 结合的新方法. SIMBA量化了数千种SLiM变异,揭示了控制蛋白质-相互作用的序列特征.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物化学 生物化学
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 暂时的蛋白质-蛋白质相互作用对于细胞信号传递至关重要.
- 短线性图案 (SLiM) 是球状蛋白域的关键结合伙伴,通常在无序区域中发现.
- 精确测量SLiM结合对于理解细胞动态至关重要.
研究的目的:
- 引入和验证一种新的高通量测定方法,即系统性细胞内动机结合分析 (SIMBA),用于量化SLiM-蛋白相互作用.
- 为了询问在体内控制SLiM识别和结合强度的序列特征.
- 建立SIMBA作为分析各种SLiM绑定域及其相互作用的工具.
主要方法:
- 开发一种功能性酵母基试验 (SIMBA),其中SLiM结合使细胞增殖成为可能.
- 使用竞争性增长和深度测序来量化数千个SLiM变体的SIMBA的高通量应用.
- 深度突变扫描来定义图案识别决定因素和分析结合模式.
主要成果:
- SIMBA 快速量化了众多 SLiM 序列变异的相对结合强度.
- 通过SIMBA测量的体内结合强度与体内生化亲和关系相关.
- 深度突变扫描揭示了序列变化,包括上下文效应,如何调节SLiM结合力.
结论:
- SIMBA提供了一种快速而尖的方法,用于查询SLiM识别.
- 该试验可以在体内大量并行量化蛋白质-结合强度.
- SIMBA 便于对图案识别决定因素和绑定模式进行高分辨率映射.
