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Updated: Jun 7, 2025

CIRCLE-Seq for Interrogation of Off-Target Gene Editing
Published on: November 1, 2024
CIRCLE-Seq用于对非目标基因编辑进行审讯
Jeffrey Inen1, Chann Makara Han1, David M Farrel2
1Department of Dermatology, University of Colorado School of Medicine, Anschutz Medical Campus; Gates Institute, University of Colorado School of Medicine, Anschutz Medical Campus.
通过测序 (CIRCLE-seq) 进行切割效应体内报告的循环化识别了非故意的CRISPR-Cas9 DNA切割部位. 这种新的方法为基因组研究提供了敏感,高效和公正的非目标效应检测.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- CRISPR-Cas9基因编辑技术提供了精确的DNA修饰.
- 通过CRISPR-Cas9进行非目标裂变,可能导致意外突变.
- 准确识别意外裂变部位对于安全有效的基因编辑应用至关重要.
研究的目的:
- 通过测序 (CIRCLE-seq) 来报告裂变效应的体外循环化详细方案.
- 证明CIRCLE-seq的实用性,以公正地识别CRISPR-Cas9的非目标分离点.
- 通过在AAVS1位点对CRISPR-Cas9活性进行全基因组分析来验证CIRCLE-seq协议.
主要方法:
- 基因组DNA (gDNA) 已经循环.
- 循环的gDNA用Cas9蛋白和特定导向RNA (gRNA) 进行处理.
- 分裂的DNA被净化,作为Illumina测序库进行准备,并进行测序.
主要成果:
- CIRCLE-seq能够灵敏地检测有意和无意的Cas9裂变事件.
- 该方法需要最小的测序深度,并且具有较低的背景噪声.
- CIRCLE-seq显示了Cas9分裂的gDNA的高丰富性,从而促进了准确的网站映射.
结论:
- CIRCLE-seq是一种强大而有效的方法,用于对CRISPR-Cas9目标外活动进行公正的评估.
- 该协议是全面的,经过验证,可以在两周内完成.
- CIRCLE-seq简化了CRISPR-Cas9分裂部位的分析,支持更安全的基因编辑研究.
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