优化和强大的工作流程来量化法定基子ubiquitination标记 H2AK119ub 和 H2BK120ub 通过LC-MS/MS

科学领域:

• 生物化学 生物化学
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
• 蛋白质组学是指蛋白质组学.

背景情况:

• 细胞基因组由基因组组织,这些基因组经历了对表观遗传调节至关重要的翻译后修改.
• 基因组蛋白修改控制着DNA的可访问性和蛋白质复合体的招募,构成基因组蛋白代码的基础.
• 质谱测量对于破译基质子代码至关重要,但缺乏对C-终端泛素标记的强大方法.

研究的目的:

• 开发一种简单而强大的工作流程,用于检测和量化基因素无处不在标记.
• 改进H2AK119ub和H2BK120ub的表征,这些病毒在现有方法中难以分析.
• 扩展基因组修饰分析到C端区域,以补充现有的N端尾部分析.

主要方法:

• 基因组的酸性提取,然后进行完全的三性消化.
• 使用重型或轻型酸的酸的衍生.
• 基于并行反应监测 (PRM) 的纳米LC-MS/MS,用于相对量化,采用尖端聚合样本.

主要成果:

• 成功开发了一种工作流程,用于检测和量化H2AK119ub和H2BK120ub.
• 使用合成和已知调节器对这些无处不在标记的方法的验证.
• 在分析C-终端区域的基因组基化方面取得了明显的改善.

结论:

• 开发的方法为现有的基质子分析工作流提供了有价值的补充.
• 这种方法提高了研究表观遗传调节的能力,通过分析C-终端组素修饰.
• 工作流提供了改进的检测和量化关键的质子无处不在标记.