使用全基因组分析对两个Nocardiopsis物种进行重新分类
Guendouz Dif1,2, Nadjette Djemouai3,4, Noureddine Bouras3,5
1Département Des Sciences Naturelles, École Normale Supérieure de Laghouat, BP 4033, 03000, Laghouat, Algeria. g.dif@ens-lagh.dz.
先进的基因组分析重新分类了Nocardiopsis物种. 根据基因组数据超过了分类学值,Nocardiopsis umidischolae现在是Nocardiopsis tropica,而Nocardiopsis rosea是Nocardiopsis rhodophaea.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 纳税学是一种分类学.
背景情况:
- 传统的Nocardiopsis分类依赖于16S rRNA基因序列和表型特征.
- 下一代测序 (NGS) 和生物信息学提供了先进的 prokaryotic 分类.
- 许多Nocardiopsis物种缺乏完整的基因组序列,无法进行精确的分析.
研究的目的:
- 用先进的基因组基础方法重新评估Nocardiopsis属的分类学分类.
- 应用整体基因组相关指数 (OGRI),包括平均核酸标识 (ANI) 和数字DNA-DNA杂交 (dDDH),用于遗传学重新评估.
- 根据基因组数据提出分类学修订建议,符合国际核细胞命名法 (ICNP).
主要方法:
- 对完整的16S rRNA基因序列进行比较分析.
- 数字DNA-DNA杂交 (dDDH) 值的计算.
- 使用各种指标 (ANI%,FastANI%,ANIm,ANIb) 确定平均核酸标识 (ANI).
主要成果:
- 在N. umidischolae和N. tropica (99.61%) 之间以及N. rhodophaea和N. rosea (100%) 之间观察到高16S rRNA相似性.
- 基于基因组的指数 (dDDH,ANI) 显著超过了两对物种的物种划分值.
- N. umidischolae和N. tropica显示了73.2%的dDDH和96.74%的ANI;N. rhodophaea和N. rosea显示了93.6%的dDDH和99.27%的ANI.
结论:
- 建议Nocardiopsis umidischolae作为Nocardiopsis tropica的一个异型同义词.
- 诺卡迪奥普西斯被提议作为诺卡迪奥普西斯罗多的异型同义词.
- 基于基因组的分析为Nocardiopsis分类学和物种划分提供了一个强大的框架.
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