优化了针对人类便中产生扩展光谱β-lactamase的大肠杆菌的有针对性的监测方法

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组流行病学 基因组流行病学
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 耐药性感染对全球健康构成重大威胁,需要有效的预防策略.
• 了解病原体的传播是控制耐药细菌的传播的关键,例如扩展谱β-乳糖酶 (ESBL) 生产大肠杆菌 (ESBL-EC).
• 精确追踪ESBL-EC菌株需要高分辨率的方法来分析样本内部和样本之间的遗传多样性.

研究的目的:

• 为了比较各种微生物学工作流程步骤,以从人类便中最佳地恢复ESBL-EC.
• 确定产生适用于全基因组测序和单核酸变异分析的高质量DNA的方法.
• 建立一个可靠的工作流程来跟踪ESBL-EC传输路径.

主要方法:

• 不同的预缩和化时间的比较.
• 选择性涂层介质和DNA提取套件的评估.
• 评估全基因组测序的恢复率和DNA质量.

主要成果:

• 在缓冲皮水中进行了4小时的预富,然后在补充了cefotaxime的MacConkey agar上涂抹,改善了ESBL-EC回收.
• 路西根MasterPure DNA净化套件产生了适合全基因组测序的高质量DNA.
• 优化的工作流使ESBL-EC从便样本中进行高分辨率单核酸变异分析成为可能.

结论:

• 开发的工作流程增强了从人类便中恢复和基因组分析ESBL-EC.
• 这种优化的方法支持详细调查ESBL产生病原体的传播动态.
• 提高检测能力对于实施针对药物耐药性感染的有针对性的干预措施至关重要.