在种群层面上对Ascochyta rabiei的全基因组测序确定了与孤立攻击性相关的基因组位点

科学领域:

• 植物病理学 植物病理学
• 菌类遗传学 菌类遗传学
• 农业科学 农业科学

背景情况:

• 由Ascochyta rabiei引起的Ascochyta blight对全球小 (Cicer arietinum) 生产构成重大威胁.
• 该病原体已在澳大利亚广泛蔓延,由于疾病控制成本和产量减少,造成了相当大的经济损失.
• 尽管在很大程度上是克隆种群,但澳大利亚Ascochyta rabiei分离物体在攻击性方面表现出表型变异,高度攻击性菌株的频率增加.

研究的目的:

• 为了确定与澳大利亚小种类中Ascochyta rabiei攻击性相关的遗传位置.
• 了解澳大利亚Ascochyta rabiei的遗传多样性和种群结构.
• 为了研究病原体攻击性增加的进化基础.

主要方法:

• 在澳大利亚小种植地区 (2013-2020年) 收集的230个Ascochyta rabiei分离物的深度基因组测序.
• 使用全基因组单核酸多态 (SNP) 数据进行种群遗传分析.
• 遗传学分析以推断进化关系并确定侵略性表型的起源.

主要成果:

• 人口遗传分析显示,在澳大利亚有三个不同的基因相关的Ascochyta rabiei分离物群.
• 遗传学分析表明,高度侵略性的表型在澳大利亚人口中已经独立进化了多次.
• 没有发现任何一个主要的基因位点;研究结果表明,侵略性的多基因或表观基因基础.

结论:

• 澳大利亚Ascochyta rabiei在豆品种上的攻击性很可能受到多个小遗传区域的影响.
• 表观基因组变异可能在观察到的表型变异和增加的攻击性中发挥重要作用.
• 了解这些因素对于制定澳大利亚小生产中有效的疾病管理策略至关重要.