450K,EPICv1和EPICv2DNA甲基化阵列中的技术变异性:临床和纵向研究的经验教训
Alexandre A Lussier1,2,3, Isabel K Schuurmans4, Anna Großbach5,6,7
1Psychiatric and Neurodevelopmental Genetics Unit, Center for Genomic Medicine, Massachusetts General Hospital, Boston, MA, USA. alussier@mgh.harvard.edu.
Clinical epigenetics
|November 23, 2024
概括
Illumina的DNA甲基化阵列 (450K,EPICv1,EPICv2) 显示了不同的测量稳定性. 探针质量注释和差异指标可以指导使用纵向数据进行表观遗传研究的复制工作.
科学领域:
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 基因甲基化 (DNAm) 是一个关键的表观遗传机制,使用Illumina数组进行测量.
- 最近的阵列更新 (EPICv2) 需要了解跨代测量稳定性 (450K,EPICv1,EPICv2).
- 缺乏交叉阵列可比性阻碍了纵向表观遗传研究和复制.
研究的目的:
- 评估三代Illumina阵列 (450K,EPICv1,EPICv2) 的DNA甲基化测量稳定性.
- 开发一个框架来评估探头质量和跨阵列平台的可复制性.
- 引导研究人员比较和复制纵向研究中的表观遗传发现.
主要方法:
- 从30名儿童参与者中生成DNA甲基化数据,使用450K,EPICv1和EPICv2数组.
- 探测器质量使用类内相关性,四分位数间范围,相关性和数组偏差进行了注释.
- 分析包括性别差异和表观遗传年龄估计在数组中的稳定性.
主要成果:
- 在三代数组中观察到DNA甲基化测量稳定性的显著变化.
- 具有较低交叉数组可复制性的CPG表现出更高的基于数组的差异.
- 在使用表观遗传时钟的主要组件版本时,表观遗传年龄估计显示出更大的稳定性.
结论:
- 建立了探测器质量和交叉阵列稳定性的全面注释.
- 基于数组的方差可以作为指导表观遗传学研究中的复制努力的指标.
- 这些发现为协调不同Illumina阵列版本的表观遗传数据提供了关键的框架,增强了纵向研究和数据可比性.
