DNA质量对非人类灵长类动物便样本的直接测序输出几乎没有影响
Florence C H Lee1, Frankie T Sitam2, Lu Ping Tan3
1Environmental Health Research Centre, Institute for Medical Research, National Institutes of Health, Ministry of Health Malaysia, Selangor, Malaysia.
Journal of virological methods
|November 23, 2024
概括
低标准的DNA质量没有妨碍牛津纳米孔技术 (ONT) 长读测序 (LRS) 在非人类灵长类动物 (NHP) 便中检测腺病毒. 传统的DNA纯度指标对于成功对这些样品进行ONT测序并不关键.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 病毒学 病毒学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 像牛津纳米孔技术 (ONT) 这样的长读测序 (LRS) 平台越来越多地用于基因组研究.
- 通常情况下,LRS需要高质量,高度的纯DNA,因此不符合标准的样本的实用性是未知的.
- 在非人类灵长类动物 (NHP) 便中检测腺病毒对于疾病监测和理解病毒多样性很重要.
研究的目的:
- 评估低标准DNA质量样本在使用ONT LRS.的ADENOVIRUS de-novo组装中的实用性.
- 为了确定传统的DNA质量参数 (度,新鲜度,OD比率) 与ONT测序成功的腺病毒检测是否相关.
- 评估从具有不同DNA品质的NHP便样本中Adenovirus de-novo组装的可行性.
主要方法:
- 在没有先前的DNA质量选择的情况下,34个腺病毒阳性NHP便DNA样本接受了ONT LRS.
- 常规PCR查用于初始样本选择和验证.
- 进行了非参数相关性分析,以评估DNA质量指标和ONT测序输出之间的关系.
- 尝试使用Flye组装器进行De-novo组装.
主要成果:
- 在ONT测序输出结果显示,与DNA度,便新鲜度或OD比率 (A260/280,A260/230) 没有显著的关联,这表明这些参数可能对ONT成功不至关重要.
- 从61.76% (21/34) 的样本中获得了腺病毒读数.
- 在产生腺病毒读数的样本中,47.6% (10/21) 在组装后至少产生一种腺病毒感染.
- 在所有样本中,无论DNA质量如何,都实现了测序和.
结论:
- 传统的DNA质量参数不是ONT LRS成功检测NHP便中的腺病毒的重要决定因素.
- ONT LRS是从NHP便样本进行腺病毒测序的可行方法,即使DNA质量低于最佳.
- 在初始PCR查中,高标识相似性 (>90%) 可能是选择可能通过ONT测序产生阳性结果的样本的有用指标.
