ONDSA:基于高斯图形模型的测试框架,用于对多个omics网络的差异和相似性分析
Jiachen Chen1, Joanne M Murabito2,3, Kathryn L Lunetta1
1Department of Biostatistics, Boston University School of Public Health, 801 Massachusetts Avenue, Crosstown, 3rd floor, Boston, MA 02218, United States.
奥米克斯网络差异和相似性分析 (ONDSA) 能够在不同的条件下比较多个高斯图形模型 (GGM). 该框架识别了差异性和相似的网络结构,推进了对疾病机制的生物网络分析.
科学领域:
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 网络分析 网络分析
- 统计遗传学 统计遗传学
背景情况:
- 高斯图形模型 (GGMs) 分析高通量多omics数据中的条件依赖性,以探索疾病机制.
- 在临床条件中分析差异性和相似的网络结构,揭示了与疾病相关的生物途径.
- 现有的稀疏GGM组比较方法仅限于两个组,阻碍了多条件分析,并带来了多个测试挑战.
研究的目的:
- 引入Omics网络差异和相似性分析 (ONDSA) 框架,用于连续的Omics数据.
- 为了能够在多个GGM中进行结构差异和相似性测试,同时控制错误发现率 (FDR).
- 克服多个GGM的联合比较现有方法的局限性.
主要方法:
- 开发了ONDSA用于连续的奥米克数据,专注于跨组的入口智能精度矩阵比较.
- 引入了两个测试统计数据,用于对结构差异和相似性的顺序估计.
- 在FDR控制程序中对相关效应进行内置的调整.
主要成果:
- 综合模拟表明ONDSA在各种图形结构中优于现有方法.
- ONDSA有效地控制了FDR用于多个GGM的联合比较.
- 应用ONDSA以确定弗雷明汉心脏研究中的神经炎症途径,数据跨越三个阿波利波蛋白E基因型组.
结论:
- ONDSA是多个GGM的联合比较的一个有价值的工具,比现有方法提供了更好的性能.
- 该框架通过多主题数据集成,提供了对生物相互作用和疾病机制的更全面的看法.
- ONDSA促进从多条件网络分析中发现复杂的生物见解.
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