rIDIMS:一种用于处理直接输注质谱数据的新工具.
Felipe R P Mansoldo1, Iasmim Lopes de Lima2, Caroline Pais de Carvalho2
1BIOINOVAR - Biotechnology Laboratories: Biocatalysis, Bioproducts and Bioenergy, Institute of Microbiology Paulo de Góes, Federal University of Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, 21941-902, Brazil.
一个名为rIDIMS的新应用程序简化了从直接注入 (DIMS) 和环境电离 (AMS) 技术中获得的质谱数据的处理. 它提供了一个用户友好的界面,用于可重复的代谢分析,特别是对于小样本大小.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 分析化学 分析化学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 仅用质谱 (MS) 分析,包括直接输注 (DIMS) 和环境电离 (AMS),对于快速,高吞吐量代谢学非常受欢迎.
- 现有的工具缺乏用户友好的图形用户界面 (GUI) 来处理DIMS/AMS数据,特别是对于有限的样本大小和变化的总离子计时表 (TIC).
- 需要一个标准化的工作流程来解决处理专门的MS数据的差距.
研究的目的:
- 开发基于浏览器的应用程序rIDIMS,具有用于处理DIMS和AMS数据的GUI.
- 为了提供简单快速的工作流程扫描选择,同位素/吸附物分组,对齐,分类和过.
- 引入一种新的,可复制和统计可靠的ICT扫描选择方法,特别是对于有限的样本大小.
主要方法:
- 使用Shiny开发了rIDIMS作为基于浏览器的应用程序,以实现用户友好的GUI.
- 实现了用于高质量的扫描选择,同位素/添加物分组,数据对齐,分类和过的功能.
- 引入了一种新的TIC扫描选择功能,以获得可复制和统计可靠的结果.
主要成果:
- rIDIMS通过直观的界面来促进AMS和DIMS数据的处理.
- 在分类咖啡豆物种,分析胰岛素抵抗综合征中的脂质配置文件以及分类肺癌中的脂质方面证明了rIDIMS的功能.
- 该应用程序在HTML报告中生成出版品质的数字,统计数据和表格.
结论:
- rIDIMS解决了对DIMS和AMS数据处理的用户友好的GUI的需求.
- 该应用程序使可重复和可靠的代谢学研究成为可能,特别是在样本规模有限的研究中.
- 通过简化复杂的工作流程,rIDIMS有助于进步代谢数据分析.
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