PHI-base - 2025年的多种病原体与宿主相互作用数据库
Martin Urban1, Alayne Cuzick1, James Seager1
1Protecting Crops and the Environment, Rothamsted Research, Harpenden AL5 2JQ, UK.
Nucleic acids research
|November 26, 2024
概括
病原体-宿主相互作用数据库 (PHI-数据库) 更新了其精选的基因和相互作用数据,增强了其用于研究病原体毒性的实用性. 新版本为研究人员提供了扩展的内容和改进的数据共享功能.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 自2005年以来,病原体与宿主相互作用数据库 (PHI数据库) 已成为一个至关重要的资源.
- 它手动修复涉及致病性,毒性和效应因子功能的实验验证基因.
- PHI基础涵盖了各种病原体 (真菌,细菌,原生虫) 和各种宿主 (人类,动物,植物,无脊椎动物,真菌) 之间的相互作用.
研究的目的:
- 报告PHI基础资源的重大更新和改进.
- 介绍最新版本 (4.17和5.0) 以及它们的增强功能.
- 突出PHI基础在研究中的日益增长的影响和多样化的应用.
主要方法:
- 手动治疗病原体基因和宿主相互作用.
- 来自新策划工作流程 (PHI-Canto) 的数据集成和统一.
- 实施数据标准,如无摩擦数据框架.
- 与其他数据库的接口,如数据共享的Ensembl.
主要成果:
- 与PHI基础版本4.17相比,与4.12版本相比,基因增加了19%,相互作用增加了23%.
- PHI-基础版本5.0代表了第一个完整的版本,整合了PHI-Canto策划工作流中的数据.
- 增加了对无摩擦数据框架的支持,以及与Ensembl进行增强的数据共享.
- 已经进行了PHI基体内保存的正统基因的分析.
结论:
- PHI基继续成为了解病原体与宿主相互作用的重要,不断扩大的资源.
- 最新的更新增强了数据的可访问性,集成性和研究实用性.
- PHI-base 4.17 和 5.0 是免费可用的,支持广泛的科学研究.
