通过在花生育种计划中使用Tecan Allegro有针对性的重序V2进行重新排序来降低成本的基因型鉴定

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学
• 植物育种 植物育种

背景情况:

• 高通量基因型定型方法通常过于昂贵,无法在植物育种计划中常规使用,需要对大量种群进行频繁的分析.
• 现有的方法产生更多的单核酸多态化 (SNP) 标记,而不是通常需要用于育种应用.
• 需要具有成本效益的基因型化解决方案,以促进分子标记物的常规使用.

研究的目的:

• 为植物育种计划开发一个具有成本效益的基因型识别系统.
• 使用Tecan Allegro目标再测序V2套件进行定制的SNP标记物选择和基因造型.
• 评估针对常规分子标记物分析的目标再测序的可行性.

主要方法:

• 从先前的花生下一代测序数据中预先过和选择的SNP被用作目标.
• 使用Tecan Allegro目标重序V2套件设计了定制的探测器,用于检测2770个SNP目标.
• 该系统在48个加入中进行了测试,其中包括来自繁殖群体的密切相关的姐妹线.

主要成果:

• 针对性重新排序方法将基因型化成本从每样本约28美元 (SNP芯片和GBS) 降至18美元.
• 该系统成功地识别了具有准确SNP调用的多态标记.
• 设计了5154个探测器来检测2770个SNP目标.

结论:

• 开发的有针对性的再测序平台为植物育种计划提供了具有成本效益的解决方案.
• 这种方法使得预先选择的SNP标记物能够有效地和常规地用于基因分析.
• 该系统促进了分子标记物的应用在大规模的育种工作中.