评估便样本聚合用于实时RT-PCR测试动物中的SARS-CoV-2
Antonio Leonardi-Cattolica1,2, Sandipty Kayastha1, Megan Miller3
1Veterinary Diagnostic Laboratory, Department of Veterinary Clinical Medicine, University of Illinois College of Veterinary Medicine, Urbana, IL 61802, USA.
Viruses
|November 27, 2024
概括
兽医实验室可以通过实时逆转录酶聚合酶链反应 (rRT-PCR) 的样本聚合来扩大COVID-19的测试规模. 这种方法可以在便样本中准确检测SARS-CoV-2,即使是合并测试,也能确保及时的结果.
科学领域:
- 兽医诊断 兽医诊断 兽医诊断 兽医诊断
- 分子生物学分子生物学
- 流行病学监测 流行病学监测
背景情况:
- 在疫情期间,兽医诊断实验室在及时,大规模的COVID-19测试方面面临着挑战.
- 为了提高测试能力,研究了长期以来的监控技术样本聚合.
- 实时聚合酶连锁反应 (PCR) 提供了有效的样本组合策略所需的灵敏度.
研究的目的:
- 用rRT-PCR评估5个和10个便样本聚合用于检测SARS-CoV-2的有效性.
- 在聚合的便样本中确定SARS-CoV-2的敏感性和基因组稳定性.
- 通过独立的盲目方法测试来验证聚合测试的性能.
主要方法:
- 实时逆转录酶聚合酶链反应 (rRT-PCR) 用于测试5个和10个样本的便池.
- 分析了聚合样本的检测极限 (LOD) 和周期值 (Ct) 值.
- 一个盲目方法测试 (BMT) 评估了5个样本池;基因组稳定性在28天内得到评估.
主要成果:
- 对于5个和10个样本池的LOD分别确定为12.8和6.4个基因组拷贝/25μL.
- 聚合导致Ct值的轻微损失 (5个样本的聚合量为2.35,10个样本的聚合量为3.45).
- 在原始Ct值低于36 (5样本) 和34 (10样本) 的池中始终检测到SARS-CoV-2RNA;基因组稳定性得到证实.
结论:
- 使用rRT-PCR组合5个和10个样本是兽医诊断中检测SARS-CoV-2的可行策略.
- 该方法表现出高灵敏度,BMT证实100%检测在100个副本/反应.
- 这些发现支持在兽医实验室使用聚合样本分析进行SARS-CoV-2测试的可扩展性.
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