在HIV-1预治疗药物耐药性测试中,下一代测序和桑格测序之间的灵敏度和一致性比较
Ying Zhou1, Fei Ouyang2, Xiaoyan Liu1
1Department of HIV/STD Control and Prevention, Jiangsu Provincial Center for Disease Control and Prevention, Nanjing 210009, China.
Viruses
|November 27, 2024
概括
下一代测序 (NGS) 与桑格测序相比,在检测艾滋病毒抗药性方面具有更高的灵敏度. 对于蛋白酶和整合酶抑制剂,NGS显示出良好的一致性,但对于核酸逆转录酶抑制剂,结果是可变的.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 下一代测序 (NGS) 越来越多地用于HIV耐药性 (DR) 测试,特别是用于检测低丰度耐药变体 (LA-DRVs).
- 关于NGS用于DR检测的检测性能存在有限的数据.
研究的目的:
- 评估使用NGS用于检测LA-DRVs在HIV-1治疗前耐药性的可行性.
- 为了比较NGS与桑格测序 (SS) 的性能,用于HIV-1 DR测试.
主要方法:
- 80名先前未接受过治疗的艾滋病毒感染者使用NGS和SS对HIV-1DR进行了测试.
- 在5%的检测值下,NGS的灵敏度和一致性与SS进行了评估.
主要成果:
- 在药物耐药性识别方面,NGS表现出比SS更高的灵敏度 (87.0%在5%值).
- 对于蛋白酶抑制剂 (PI) 和整合酶抑制剂 (INSTI),NGS与SS的一致性>90%.
- 核酸逆转录酶抑制剂 (NRTIs) 的一致性较低 (61.25%-87.50%),而非核酸逆转录酶抑制剂 (NNRTIs) 的一致性约为85%.
结论:
- NGS是检测HIV-1治疗前药物耐药性的敏感工具,特别是对于LA-DRVs.
- 需要进一步验证NGS在不同艾滋病毒感染人群和耐药性类型中的应用.
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