通过Perturb-DBiT进行CRISPR屏幕测序in vivo的空间解析

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 分子生物学分子生物学
• 癌症研究 癌症研究

背景情况:

• Perturb-seq分析了单细胞基因干扰导致的基因表达变化.
• 然而,它无法评估这些干扰对组织微环境的影响.

研究的目的:

• 开发 Perturb-DBiT,这是一个用于同时进行空间转录和指导RNA (gRNA) 同序的新平台.
• 实现体内CRISPR屏幕与基因组规模的gRNA图书馆,以全面分析组织环境中的遗传修饰.

主要方法:

• Perturb-DBiT将空间转录组学与CRISPR选相结合,通过从同一组织部分共同测序gRNA和转录组.
• 该平台可容纳各种传递载体,gRNA库大小,组织制剂和gRNA捕获方法.
• 在三种癌症模型中进行了基因组规模的CRISPR屏幕检查,包括人类转移殖民模型和免疫竞争力的合成基因模型.

主要成果:

• Perturb-DBiT绘制了个体殖民地中的gRNA和转录组图,揭示了克隆动态和癌症转移中的合作.
• 该研究揭示了基因干扰如何差异化和协同影响瘤微环境中的免疫细胞透和抑制.
• 该方法证明了同时评估淘汰效应对瘤发病,发育,转移,组织病理和免疫格局的能力.

结论:

• Perturb-DBiT通过整合空间和功能基因组学,显著扩大了遗传调查的范围.
• 这个平台提供了对遗传修饰对细胞行为和组织架构的影响的全面了解.
• Perturb-DBiT通过阐明癌症中复杂的基因环境相互作用,为开发有针对性的治疗策略奠定了基础.