优化从长期保存的甲固定和氨酸嵌入的肺癌和淋巴结组织中提取基因组DNA
C S Faria1, C M Baldavira2, F R R Mangone3
1Laboratório de Investigação Médica, Hospital das Clínicas, Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, Brasil.
概括
从肺癌 (LC) 标本中优化基因组DNA (gDNA) 提取是个性化治疗的关键. 从幻灯片上除组织提供优越的gDNA产量,与标准的甲固定,嵌 (FFPE) 方法相比,增强分子测试能力.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- 肺癌 (LC) 的个性化治疗依赖于分子诊断.
- 细胞学样本对于LC诊断至关重要,但在分子检测中往往未得到充分利用.
- 优化基因组DNA (gDNA) 从甲固定,嵌 (FFPE) 组织的提取对于临床和流行病学研究至关重要.
研究的目的:
- 从FFPE肺癌标本中进行增强gDNA提取的协议的调整和评估.
- 为了比较从FFPE块段中获得的gDNA产量与从幻灯片中取的组织.
- 确定优化gDNA提取效率的关键参数.
主要方法:
- 使用了Qiagen GeneRead® DNA FFPE套件与适应的协议.
- 对比了两个提取方法:切割FFPE块和从幻灯片上擦除组织.
- 研究了FFPE部分数,热脱和蛋白酶K消化时间的影响.
主要成果:
- 从幻灯片上除组织,与标准的FFPE块方法相比,产生了优异的gDNA.
- 瘤的中位数gDNA产量为2.82 ng/μL,淋巴结样本的中位数为4.34 ng/μL.
- 优化的参数包括增加FFPE部分,热脱化和调整蛋白酶K消化.
结论:
- 一个适应的协议,特别是从幻灯片上除组织,对于LC中的gDNA提取是可行的和有效的.
- 这种方法为临床和流行病学研究提供了可靠的gDNA来源.
- 基于组织体积的微调消化时间和热暴露可以进一步提高产量.
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