在冷的人类呼吸道样本上,宿主DNA的枯竭使得微生物组研究的成功元基因组测序成为可能
Minsik Kim1,2,3, Raymond C Parrish1, Michael J Tisza4
1Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Massachusetts General Hospital, Boston, MA, USA.
Communications biology
|November 28, 2024
概括
主体DNA去除方法通过增加微生物多样性和丰富性来改善呼吸系统的转基因组学. 然而,一些方法会改变细菌的组成,冷会影响细菌的生存能力,需要冷保护.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 呼吸系统微生物组研究通常依赖于由于高宿主DNA污染而导致的amplicon测序.
- 甲基因组学提供了卓越的分类分辨率,菌体分析和对呼吸道样本的功能洞察力.
研究的目的:
- 评估5种宿主DNA枯竭方法用于呼吸系统转基因组学.
- 评估这些方法对各种样本类型的微生物多样性,组成和生存能力的影响.
主要方法:
- 测试了5个宿主DNA枯竭套件,使用冷的鼻子抽样,唾液 (囊性纤维化) 和支气管支气管洗 (BAL) 样本.
- 使用了基因组学测序,平均深度为每样本7640万次阅读.
- 使用培养方法冷和耗尽后评估细菌活力.
主要成果:
- 主体DNA枯竭显著增加了微生物的读数,物种和功能丰富性,特别是在较低的测序深度.
- 稀疏度曲线表示物种丰富度和在50万至250万微生物读数.
- 大多数方法保留了整体社区结构 (莫里西塔-霍恩不相似性),但在CF中减少了グラム阴性细菌;冷降低了一些细菌的生存能力,由冷保护剂减轻.
结论:
- 没有宿主DNA枯竭的转基因组学严重低估了呼吸道微生物多样性.
- 主体DNA的枯竭对于通过转基因组学准确地表征呼吸道微生物群至关重要.
- 需要仔细选择枯竭方法,并考虑样品处理 (冷,冷保护) 才能保持微生物数据的完整性.
