从被动样本中最大化病毒核酸产量:评估化和提取协议
Madison Gouthro1, Emalie K Hayes1, Graham A Gagnon1
1Centre for Water Resources Studies, Department of Civil & Resource Engineering, Dalhousie University, 1360 Barrington Street, Halifax, Nova Scotia B3H 4R2, Canada.
The Science of the total environment
|December 1, 2024
概括
针对颗粒活性炭 (GAC) 被动采样的优化协议提高了淡水中的病毒检测. 这种方法改善了病毒核酸的恢复,这对于在水生环境中监测像SARS-CoV-2这样的病毒至关重要.
科学领域:
- 环境病毒学 环境病毒学
- 水质监测 水质监测
- 分子生物学技术 分子生物学技术
背景情况:
- 在淡水中进行有效的病毒监测至关重要,特别是对于非肠道病毒,但传统采样方法面临挑战.
- 基于废水的流行病学已经进步,但淡水病毒监测仍然有限.
- 颗粒活性炭 (GAC) 在水生系统中提供了被动病毒采样的潜力.
研究的目的:
- 优化基于GAC的被动样本的提取和化方法,以改善淡水中的病毒核酸回收.
- 为了确定全核酸 (TNA) 提取套件和GAC采样的化缓冲器最有效的组合.
- 在淡水生态系统中验证现场规模病毒监测的优化协议.
主要方法:
- 评估了三种商业TNA提取套件和四种化缓冲器,用于从GAC样本中检测SARS-CoV-2和菌体MS2.
- 确定最佳的提取和化条件,以最大限度地提高病毒核酸回收效率.
- 在实地研究中应用了优化的协议,以评估各种病毒的GAC被动采样器性能.
主要成果:
- 普罗梅加Wizard® Enviro总核酸套件与基于Tween®20的缓冲器相结合,产生了来自GAC的最高病毒恢复效率.
- 优化的GAC被动采样器成功捕获了SARS-CoV-2,流感A (INFA),呼吸道同胞病毒 (RSV) 和麻疹病毒 (MeV).
- 优化的被动采样显示了较高的检测频率,与抓取样本相比,突出显示了提高的灵敏度.
结论:
- 选择适当的TNA提取套件和化缓冲器对于最大限度地从被动样本中恢复病毒至关重要.
- 基于GAC的优化被动采样协议显著提高了淡水病毒监测的灵敏度和可靠性.
- 这项研究提供了一种精细的方法,用于在各种水生环境中有效监测病毒.
