在Taohongling自然保护区组建和应用当地trnLmetabarcoding数据库的Cervusnipponkopschi在Taohongling自然保护区

科学领域:

• 分子生态学分子生态学
• 保护生物学 保护生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 准确的料植物识别对于有效的野生动物保护和管理至关重要.
• 现有的参考数据库可能缺乏完整性,影响饮食分析的准确性.
• 叶绿体trnL元编码为植物DNA条形编码提供了一种有前途的方法.

研究的目的:

• 在中国南部建立一个用于料植物识别的当地化物trnL参考数据库.
• 评估本数据库在确定南华西卡鹿 (Cervus nippon kopschi) 的饮食中的有效性.
• 为了评估DNA元编码的不同基础套件的性能.

主要方法:

• 第一个代测序被用来通过叶绿体trnLmetabarcoding建立一个局部参考数据库.
• 对于通用DNA元编码,原始数c-h被确定为优于g-h.
• 使用高通量元编码测序和BLAST分析来识别饮食成分.

主要成果:

• 产生了162个有效的叶绿体trnL序列,并提交给GenBank,显示出对A和T核酸的偏好.
• 在trnL序列中观察到高的单质型多样性 (Hd=0.978) 和核酸多样性 (Pi=0.0484).
• 当地数据库成功识别了25种料植物物种,主要是灌木和草本植物,在Sika鹿的饮食中.

结论:

• 开发的本地trnL参考数据库对于准确识别料植物非常有价值.
• 本资源支持对西卡鹿和其他同类草食动物的营养评估.
• 该数据库有助于生物多样性保护和改善野生动物管理策略.