开源的电友碎片选平台,用于识别UCHL1共价抑制剂的化学起点
Scott B Ficarro1, Zachary H Marto2, Nicholas M Girardi3
1Department of Cancer Biology and the Linde Program in Cancer Chemical Biology, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA, USA; Blais Proteomics Center, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA, USA; Center for Emergent Drug Targets, Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA, USA.
SLAS discovery : advancing life sciences R & D
|December 2, 2024
概括
我们开发了一个开源的质谱系统,用于选共价片段,从而快速识别潜在的药物线索. 这个平台发现了27个针对UCHL1的命中,这是一个关键的deubiquitinating酶标.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 化学生物学 化学生物学
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 使用质谱学对共价片段库的基于目标的选是发现小分子抑制剂的关键策略.
- 对净化蛋白质的共价片段选简化了质谱学要求,使得开发更容易使用的系统成为可能.
研究的目的:
- 开发一个开源的,中度通量质谱系统,用于基于目标的共价碎片选.
- 通过识别准UCHL1.1的共价碎片来证明系统的能力.
主要方法:
- 开发了一种自动化系统,采用双重LC淡化柱和电喷离子化,并与质谱学集成.
- 该平台使用微控制器上的Python GUI进行仪器集成,并包括用于数据处理的脚本.
- 查以聚合形式进行,每天可以分析大约10,000个共价片段.
主要成果:
- 该系统在一项概念验证研究中成功识别了27个针对UCHL1的击中碎片.
- 顶部的共价片段,一种乙胺,抑制了UCHL1活性 (IC50 < 5μM) 并显示了剂量依赖的结合.
- 坐标测试证实了这些结果,化合物对其他57种二化酶具有良好的选择性.
结论:
- 开发的开源质谱系统对中等通量共价碎片选非常有效.
- 这个平台有助于发现新的共价抑制剂,用于治疗标,如UCHL1.1.
- 鉴定到的共价片段可以作为开发针对UCHL1和其他标的新药的有价值的起点.
