在由Blumeria graminis触发的生物压力下,鉴定基因表达评估的基因基因参考基因
Sylwia Sowa1, Joanna Toporowska2, Edyta Paczos-Grzęda3
1Institute of Plant Genetics, Breeding and Biotechnology, University of Life Sciences in Lublin, Akademicka 13, Lublin, 20-950, Poland. sylwia.sowa@up.lublin.pl.
Scientific reports
|December 2, 2024
概括
选择像HNR和EIF4A这样的稳定参考基因 (RG) 对于在被Blumeria graminis感染的青树 (麦) 中进行可靠的RT-qPCR实验至关重要. 这项研究确定了在这种病理系统中进行精确基因表达分析的最佳RG.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 分子生物学分子生物学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 使用RT-qPCR精确的基因表达分析依赖于稳定的参考基因 (RG).
- 草菌 (Blumeria graminis) 导致粉状菌,这是阿维纳·萨蒂瓦 (麦) 的一个重要疾病.
- 确定合适的RG对于研究麦菌相互作用至关重要.
研究的目的:
- 为了评估九个候选参考基因的表达稳定性在阿维纳树种.
- 确定最稳定的RG,以在阿维娜·萨蒂瓦 - 布卢梅里亚·格拉米尼斯病理系统中使RT-qPCR数据正常化.
- 为研究兼容和不兼容的相互作用提供可靠的RG.
主要方法:
- RT-qPCR是在麦差异线和一个易受影响的品种上进行的.
- 对六个时间点的表达水平进行了分析,这些时间点与不同的Blumeria graminis病变型进行了注射后的分析.
- 使用四种算法 (geNorm,NormFinder,BestKeeper,deltaCt) 来评估RG的稳定性.
主要成果:
- HNR (异质核核核糖核蛋白27C) 和EIF4A (真核细胞启动因子4A-3) 的组合显示出最高的表达稳定性.
- ARF (ADP-ribosylation因子) 也显示出相当大的稳定性.
- TUA (α-tubulin) 被确定为最不稳定的参考基因.
结论:
- HNR + EIF4A是推的参考基因组合,用于在阿维纳树-布鲁梅里亚草本菌相互作用中实现RT-qPCR正常化.
- 这些已识别的RG适合研究与其他麦病原体 (如Puccinia coronata和Puccinia graminis) 的相互作用.
- 这项研究提供了关于对这种特定病理系统的参考基因选择的第一份报告.
