在猎枪元基因组学数据集中检测病原体序列时管理错误的阳性结果
Lauren M Bradford1, Catherine Carrillo2, Alex Wong3,4
1Department of Biology, Carleton University, Ottawa, Canada.
BMC bioinformatics
|December 3, 2024
概括
使用猎枪测序在食品中准确检测病原体需要仔细的生物信息分析. 这项研究提出了一个管道,以减少Kraken2的错误阳性,同时保持对病原体识别的高度敏感性.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 食品安全 食品安全
背景情况:
- 文化独立的诊断测试越来越多地用于检测食品病原体.
- 枪支测序提供了丰富的微生物数据,但对灵敏度和特异性提出了分析挑战.
- 假阳性可以导致不必要的召回,而假阴性可能会危害公共健康.
研究的目的:
- 探索用于检测食品病原体的猎枪测序数据中的假阳性识别.
- 开发和评估一个生物信息管道,以减轻假阳性,同时确保高灵敏度.
主要方法:
- 利用模拟和发布的猎枪测序数据集与沙门氏菌读数.
- 使用默认和优化的参数比较了分类学注释软件Kraken2和Metaphlan4.
- 开发了一个新的生物信息管道来过假阳性沙门氏菌衍生的读数.
主要成果:
- 克拉肯2显示高灵敏度,但在默认设置时有误报的倾向.
- 甲兰4表现出更高的特异性,但错过了稀少的沙门氏菌.
- 开发的管道有效地从Kraken2中删除虚假阳性,同时保持高灵敏度.
结论:
- 优化软件参数和数据库选择对于准确的病原体检测至关重要.
- 一个经过验证的生物信息管道可以通过猎枪测序来实现食品病原体识别的高特异性和灵敏性.
