expowo:一个R包,用于挖掘全球植物多样性和分布数据

科学领域:

• 生物多样性信息学 生物多样性信息学
• 植物分类学 植物分类学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 在线生物多样性数据库,如世界植物在线 (POWO),正在迅速增长.
• 访问和处理这大量的植物数据需要先进的生物信息工具.
• 现有的工具可能无法充分满足具有有限R编程专业知识的用户.

研究的目的:

• 介绍expowo,一个开源的R包,旨在提取和利用POWO的植物数据.
• 为科学应用提供生物信息工具,以促进大量生物多样性数据的处理.
• 为了使植物数据更容易获得不同水平的R编程能力的研究人员.

主要方法:

• expowo包在R中实现,涵盖了整个血管植物生命树.
• 它提供功能来提取植物家族,属和物种的分类学和分布数据.
• 输出包括物种列表,原始出版物,同义词,分布,物种丰富性地图和发现曲线.

主要成果:

• Expowo可以生成任何植物家族内的综合物种列表,包括同义词和分布数据.
• 该套件制作了物种丰富性的全球地图和物种发现积累和命名变化的可视化.
• 实证实例证明了该套餐在生物多样性国家和重要的树苗家族中的实用性.

结论:

• Expowo使用户,即使是那些R编程技能有限的用户,能够有效地从在线数据库中提取特定的植物信息.
• 该套件通过生成地图和图形来帮助解释生物地理和分类学模式.
• Expowo提高了科学研究大规模植物数据的可访问性和可用性.