一个 OMOP 共同数据模型的图形模型的演变
Mengjia Kang1, Jose A Alvarado-Guzman2, Luke V Rasmussen3
1Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Department of Medicine, Feinberg School of Medicine, Northwestern University, Chicago, Illinois, United States.
我们开发了一种新型的图形模型,将电子健康记录 (EHR) 数据从观察医疗结果伙伴关系 (OMOP) 共同数据模型 (CDM) 转换为图形数据库. 这种优化方案可以提高临床研究数据构建和查询效率.
科学领域:
- 生物医学信息学 生物医学信息学
- 数据库管理数据库管理
- 临床研究 临床研究
背景情况:
- 图形数据库越来越多地用于用电子健康记录 (EHR) 数据进行临床研究.
- 现有的将关系式EHR数据 (如OMOP CDM) 转换为图形数据库方案的方法没有得到充分的出版.
- 各机构都需要一个标准化,可重复使用的电子健康记录数据图形模型.
研究的目的:
- 开发和评估一个可重复使用的图形模型,将观察医学结果伙伴关系 (OMOP) 共同数据模型 (CDM) 转换为图形数据库模式.
- 为了比较不同图形模型对EHR数据转换和查询的性能.
主要方法:
- 基于两个转换策略,使用Neo4j为OMOP CDM创建了四种财产图形模型.
- 通过肺炎治疗中的成功临床反应 (SCRIPT) 和密集护理协作资源的翻译科学,信息学,综合分析和学习 (CRITICAL) 队列,评估了两个模型.
- 性能指标包括数据库构建时间,查询复杂性和运行时间.
主要成果:
- 一个优化的图表方案,优先考虑拓而不是属性,显著改善了数据创建和查询.
- 关键队列 (134,145名患者) 的图形数据库在不到1小时内建立.
- 优化的模型在代码简单性,数据库构建速度和查询性能方面表现出优势.
结论:
- 本研究介绍了将OMOP CDM转换为图形优化的图表的第一个通用解决方案.
- 开发的建模方法适用于OMOP CDM v5.x数据库,超出了最初的机构研究.
- 图形优化方案为使用EHR数据的临床研究提供了显著的效率和简单性的改进.
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