优化高吞吐量标记系统,用于家庭批量中基因组预测
Pablo Sipowicz1,2, Mario Henrique Murad Leite Andrade3, Claudio Carlos Fernandes Filho4
1Plant Breeding Graduate Program, University of Florida, Gainesville, Florida, USA.
The plant genome
|December 5, 2024
概括
在 (Medicago sativa L.) 的基因组预测中优化标记密度可以改善干物质产量 (DMY) 的预测. 无论是Capture-seq还是DArTag平台都是有效的,大约有500个标记器提供了最佳的预测能力.
科学领域:
- 植物育种和遗传学 植物育种和遗传学
- 基因组预测 基因组预测
- 料质量和产量 料质量和产量
背景情况:
- (Medicago sativa L.) 是一种高品质的料豆类,其干物质产量 (DMY) 的遗传收益在历史上很低.
- 基因组预测提供了一种具有成本效益的方法,用于改善家庭批量中的DMY.
- 优化标记物密度对于高效的基因组预测管道至关重要.
研究的目的:
- 评估两个基因型平台 (Capture-seq和DArTag) 对DMY的基因组预测模型 (G-BLUP) 中的人口结构歧视和预测能力 (PA) 的评估.
- 为了确定最佳的标记密度来预测DMY在家庭散装.
- 通过评估收获数量对PA的影响来优化表型化工作.
主要方法:
- 使用Capture-seq (17K探测器) 和DArTag (3K面板) 对160个花家族的基因定型.
- 在11个收获中对DMY进行表型化.
- 应用G-BLUP模型,使用不同的标记密度和收获数据.
主要成果:
- 无论是Capture-seq还是DArTag平台,在区分人口结构和DMY的预测能力方面表现相似.
- 在PA中达到了一个高原,大约有500个标记,无论平台如何,达到与完整标记集相似的结果.
- 使用500个标记器的五次收获的数据,产生了与使用全部11次收获和全部标记器集相比的PA.
结论:
- 在中DMY的基因型和表型化工作可以在标志物数量和收获方面得到显著优化.
- 捕获-seq和DArTag是灵活和有效的平台,用于基因组预测子育种.
- 调整标记密度和收获数量可以导致更高效的育种计划,而不会影响预测能力.
