数据挖掘重新定义了棉花叶卷矮人病毒的时间线和地理传播
Alejandro Olmedo-Velarde1, Hayk Shakhzadyan1,2, Michael Rethwisch3
1Section of Plant Pathology and Plant-Microbe Biology, School of Integrative Plant Sciences, Cornell University, Ithaca, NY 14853, U.S.A.
Plant disease
|December 5, 2024
概括
棉花叶纸矮病毒 (CLRDV) 至少自2006年以来一直存在于美国,早于其2017年发现. 这一发现挑战了以前对其引入和在该国传播的理解.
科学领域:
- 植物病毒学 植物病毒学
- 农业科学 农业科学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 棉花叶纸矮病毒 (CLRDV) 首次在2017年在美国报告,被认为是新出现的病原体.
- 遗传学分析表明,美国的CLRDV菌株在遗传上与国际菌株不同,这质疑了最近引入的假设.
研究的目的:
- 用数据库挖掘评估美国CLRDV的时间表和地理分布.
- 调查CLRDV在美国棉花行业的历史存在和传播.
主要方法:
- 现有基因序列数据集的数据库挖掘.
- 对CLRDV序列的遗传学分析.
- 在2023年对高地棉花进行实地调查.
主要成果:
- 在美国数据集中检测到的CLRDV序列可以追溯到2006年 (密西西比州),早于2017年官方报告.
- 在历史和最近的美国CLRDV分离物之间观察到高核酸标识 (>98%).
- 遗传学分析将这些序列置于美国特定的分类中,支持更早的存在.
- 在加利福尼亚州确认了CLRDV,该地区之前没有报告.
- 通过数据挖掘,确定了包括亚麻在内的潜在新宿主.
结论:
- 至少自2006年以来,CLRDV一直存在于美国,挑战了其最近引入的叙述.
- 数据挖掘是发现植物病毒历史存在和分布的强大工具.
- 需要进一步的研究来了解CLRDV对美国棉花生产的全部影响.
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