从BioModels中策划模型:为创建OMEX文件开发工作流程

科学领域:

• 计算生物学 计算生物学
• 系统生物学 系统生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 计算生物学中的可复制性对于科学进步至关重要.
• 像生物模型数据库这样的公共存储库对于共享模型至关重要.
• 确保模型的准确性和可重复使用性需要强大的验证和标准化.

研究的目的:

• 从生物模型数据库评估和改进50个计算生物学模型的可重复性.
• 开发用于模型验证和校正的手动工作流程.
• 确定当前模型策划和验证工具的局限性和潜在改进.

主要方法:

• 使用Tellurium软件对50个选定的模型复制已公布的结果.
• 使用系统生物学标记语言 (SBML) 为模型信息手动创建标准化文件.
• 生成的模拟实验描述标记语言 (SED-ML) 文件用于模拟指令,包装在开放建模交换 (OMEX) 文件中.

主要成果:

• 成功复制检查的模型的结果,证实了它们的有效性.
• 开发了一种手动工作流,作为自动化模型策划平台的基础.
• 确定了现有策划工具的局限性以及提议的增强领域.

结论:

• 手动工作流程建立了用于验证和纠正计算生物学模型的辅助工具.
• 标准化文件格式 (SBML,SED-ML,OMEX) 便于在不同的模拟器中实现模型可重现性.
• 结果将为开发自动化工具提供信息,以改善系统生物学中的模型策划和验证.