微调扩展相似性指数的替代权重方案
Kenneth López Pérez1, Anita Rácz2, Dávid Bajusz3
1Department of Chemistry and Quantum Theory Project, University of Florida, Gainesville, Florida 32611, United States.
这项研究通过比较权重函数来优化化学数据的扩展相似性指数. "frac"权重函数被认为是最佳的,简化了多样性挑选和其他应用程序的参数选择.
科学领域:
- 化学信息学 化学信息学
- 计算化学的计算化学
- 药物发现 药物发现 药物发现
背景情况:
- 扩展的相似性指数提供了高效的计算和优越性在任务,如多样性挑选.
- 这些指数需要优化几个元参数,包括权重函数.
- 之前的工作将相似度指数扩展到非二进制和连续数据.
研究的目的:
- 引入和比较扩展相似性指数的多重权重函数.
- 为了确定最佳的权重函数和扩展的相似性指数来表征分子相似性.
- 为扩展相似度指数的用户提供指导方针.
主要方法:
- 涉及CYP酶抑制剂 (4016分子) 的案例研究.
- 使用2D描述符,MACCS和摩根指纹计算扩展的相似性.
- 统计工作流使用排名差异之和 (SRD) 和差异分析 (ANOVA) 进行优化.
主要成果:
- 与节原则保持一致的"frac"权重函数成为最佳选择.
- 确定了最佳的扩展相似性指数,显示不同数据集的变化.
- 该研究提供了对各种权重功能的表现的见解.
结论:
- 推使用"frac"权重函数,用于扩展相似度指数的一般使用.
- 这项工作通过确定最佳参数,简化了扩展相似性指数的应用.
- 这些发现有助于在化学信息学和药物发现中更有效地使用相似度量.
更多相关视频
07:35Selecting Multiple Biomarker Subsets with Similarly Effective Binary Classification Performances
Published on: October 11, 2018
07:59Author Spotlight: Alignment of Synchronized Time-Series Data Using the Characterizing Loss of Cell Cycle Synchrony Model for Cross-Experiment Comparisons
Published on: June 9, 2023
相关概念视频
Weighted Mean
For example, consider the number of goals scored in the matches of a tournament. While computing the average number of goals scored in the tournament, it may be more important to...
One-Way ANOVA: Equal Sample Sizes
Different sample means can result in different values for the variance estimate: variance between samples. This is because the variance between samples is calculated as the product of the sample size and the variance between the...
Friedman Two-way Analysis of Variance by Ranks
One-Way ANOVA: Unequal Sample Sizes
Wilcoxon Signed-Ranks Test for Matched Pairs
¹H NMR Chemical Shift Equivalence: Homotopic and Heterotopic Protons
