开发和验证一个全集狂犬病病毒Bat-Clade基因组测序和宿主识别协议的开发和验证
Fernanda Marques de Souza Godinho1, Aline Campos1, Rosana Huff1
1Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brazil.
Journal of virological methods
|December 9, 2024
概括
一种新的测序方法可以快速识别各种狂犬病病毒 (RABV) 蝙蝠血统和宿主. 该工具增强了对更有效的狂犬病控制和公共卫生干预措施的监测.
科学领域:
- 兽医病毒学 兽医病毒学
- 基因组监测 基因组监测
- 公共卫生 昆虫学 昆虫学
背景情况:
- 狂犬病病毒 (RABV) 构成了严重的公共卫生威胁,特别是巴西蝙蝠养护的菌株.
- 蝙蝠中RABV的高遗传多样性和复杂的传播动态挑战了有效的监测.
- 目前的监测方法与RABV的遗传变异性和精确的宿主识别作斗争.
研究的目的:
- 开发和验证用于RABV基因组监测的新型快速片基序测序方法.
- 整合RABV的全基因组测序与宿主物种识别.
- 为应对RABV遗传多样性和传播动态带来的挑战.
主要方法:
- 开发并验证了一种基于安普利康的"全合一"测序协议.
- 集成RABV全基因组测序与COI基因放大用于宿主识别.
- 从巴西南部的各种宿主物种中测序了25个几乎完整的RABV基因组.
主要成果:
- 实现了91.4%的平均基因组覆盖率,读取深度高 (平均816x).
- 通过使用MADDOG RABV血统系统,展示了重要的蝙蝠克莱德亚系多样性.
- 成功识别了三种蝙蝠物种 (Tadarida brasiliensis,Desmodus rotundus,Myotis nigricans),证实了宿主识别能力.
结论:
- 介绍了用于高分辨率RABV基因组评估和宿主识别的强大工具.
- 能够为控制狂犬病提供更有针对性的动物和人类健康干预措施.
- 在One Health框架内增强RABV监测能力.
